五八事件
1999国内外大事中最让国人难忘的事件中必有五八事件，北京时间1999年5月8日以美国为首的北大西洋公约组织部队，用B-2隐形轰炸机投下五枚联合直接攻击弹药(JDAM)，悍然轰炸了中华人民共和国驻南斯拉夫联盟共和国大使馆。新华通讯社记者邵云环、《光明日报》记者许杏虎和朱颖当场牺牲，数十人受伤，大使馆建筑严重损毁。中国驻南联盟大使馆遭北约轰炸后，中国民众群情激愤，全国多地爆发大规模反美示威活动，这次炸馆事件以及之后事件的发展也使得原本由于中美两国元首互访而正处于上升阶段的两国关系骤然恶化。
土耳其大地震
北京时间1999年8月17日凌晨，土耳其中部和西部地区发生里氏7.4级强烈地震，据报道，建筑质量差是造成地震发生时大片楼房倒塌、众多人员伤亡的主要原因。不少建筑承包商为了赚取更多利润而购买质量较差的建筑材料，并盲目追求施工进度，造成居民楼严重的建筑质量问题。而且11月12日晚，土西部地区又发生里氏7.2级强烈地震。两次大地震造成重大人员伤亡和财产损失，共有1.8万人丧生，4.3万多人伤残，60万人无家可归，经济损失达200亿美元。
澳门回归
1999年末最让国人振奋的消息就是中国政府对澳门恢复行使主权，1887年12月清朝与葡萄牙王国签订《中葡友好通商条约》，确认葡萄牙可长驻澳门管理，从此占领澳门一百多年。1999年12月20日零时，中葡两国政府在澳门文化中心举行政权交接仪式，中国政府对澳门恢复行使主权，澳门回归祖国，并宣告中华人民共和国澳门特别行政区政府成立，澳门的发展从此进入了一个崭新的时代，澳门回归祖国是继香港回归之后中华民族的又一盛事，是完成祖国统一大业的一个重要里程碑。
巴拿马收回运河主权
巴拿马运河条约是巴拿马军政府领导人奥马尔·托里霍斯·赫雷拉与美国总统吉米·卡特于1977年9月17日签订的关于巴拿马运河主权过渡的条约，根据该条约，巴拿马于1999年12月31日从美国手中正式全面接管巴拿马运河。12月14日，巴拿马运河主权交接仪式在巴拿马城附近的米拉弗洛雷斯船闸处举行，至此，这条连接南北美洲大陆、沟通太平洋和大西洋的“黄金水道”名副其实地成了“巴拿马的运河”。运河回归标志着巴拿马人民为收回运河进行长期英勇斗争的最后胜利，同时也标志着美国在中南美洲大陆殖民统治的终结。
完整破译第22对人体染色体遗传密码
1999年事件中也有让人振奋的事情，1999年12月1日，由英、美、日、中等国216位科学家组成的人体基因组计划联合研究小组正式宣布，他们已经完整地破译出人体第22对染色体的遗传密码，确定出该对染色体上所有蛋白质编码基因所含的3340万个碱基对的确切位置。这是人类首次完成人体染色体基因完整序列的测定。科学家普遍认为，这是人类在科学领域的又一次突破。